De ziekte van Hashimoto is de meest voorkomende oorzaak van een te traag werkende schildklier (hypothyreoïdie). Het is een auto-immuun ontsteking van de schildklier. Auto-immuun wil zeggen dat het afweersysteem tegen lichaamseigen cellen gericht is. Door deze ontsteking raakt de schildklier beschadigd en na verloop van tijd zal de schildklier niet meer voldoende schildklierhormoon aan kunnen maken. In het schildklierweefsel kan een lymfocytair infiltraat (lymfocyten zijn witte bloedcellen) gezien worden en fibrose (verlittekening), en een afname van het aantal folliculaire cellen (de cellen die het schildklierhormoon produceren). De ziekte wordt gekarakteriseerd door de aanwezigheid van schildklierantistoffen in het bloed, met name TPO-antistoffen en thyreoglobuline antistoffen.
In de beginfase kan er wel al ontstekingsactiviteit waarneembaar zijn, maar zijn de bloedwaarden nog goed. Dit komt doordat de schildklier dan nog voldoende reservefunctie heeft. Zodra er meer schildkliercellen beschadigd zijn, kan er een subklinische hypothyreoïdie vastgesteld worden, dit houdt in dat de TSH-waarde verhoogd is en de vrije T4 nog in het referentiegebied van het laboratorium zit. Oftewel met extra stimulatie door meer TSH kan de schildklier nog net voldoende schildklierhormoon aanmaken. Als de schade nog verder gevorderd is, lukt ook dat niet meer en dan zal het vrije T4 ook onder de ondergrens van de referentiewaarde komen; nu wordt de diagnose hypothyreoïdie gesteld. Met name in de beginfase van de ziekte kunnen er ook periodes van hyperthyreoïdie voorkomen, oftewel een teveel aan schildklierhormoon. Dit komt doordat er ten gevolge van de ontsteking tijdelijk een grote hoeveelheid opgeslagen schildklierhormoon kan vrijkomen in het bloed. De ontsteking verloopt niet bij iedereen gelijk en ook bij 1 persoon kan het van tijd tot tijd wisselen. Iemand kan bijvoorbeeld een hele heftige ontsteking hebben en al snel veel schade en dus uitval hebben, terwijl het bij iemand anders na een periode van ontstekingsactiviteit ook weer jaren rustig kan zijn, of bij weer iemand anders kan het beloop heel sterk schommelen tussen forse activiteit/ ontsteking en rustige periodes met weinig tot geen ontsteking. Dit zorgt uiteraard ook voor een verschil in het ervaren van klachten. Ook is dit van invloed op de stabiliteit die iemand ervaart qua instelling op schildklierhormoon: vaak schommelende bloedwaarden en doseringen van het schildklierhormoon. De ziekte kan dus een stabiel en een instabiel beloop hebben, ook binnen 1 persoon.
Er bestaat een spectrum van de thyreoïditis van Hashimoto: bij de mildste vorm zijn er plasmacellen aantoonbaar in de schildklier (afweercellen die de TPO-antistoffen en TG-antistoffen maken) en mogelijk een lichte schade aan de schildklier, zonder afwijkingen in de bloedwaarden. Deze vorm komt mogelijk voor bij 5-15% van de Nederlandse bevolking. Dit kan per toeval ontdekt worden bij het onderzoek van een schildklierpunctie voor een andere reden, of als iemand TPO-antistoffen heeft zonder andere afwijkingen. Niet iedereen ontwikkeld uiteindelijk een forse ontsteking met een hypothyreoïdie. Het zou natuurlijk heel interessant zijn om te weten wat het verschil is tussen de groep mens die in deze milde fase blijft en de groep die uiteindelijk verergerd.
Hashimoto komt zoals de meeste auto-immuunziekten veel vaker voor bij vrouwen dan bij mannen, en met name in de leeftijd 30-50 jaar. Dit heeft te maken met de vrouwelijke hormonen en met de effecten van een zwangerschap. Tijdens een zwangerschap wordt het afweersysteem wat inactiever en na de bevalling neemt de activiteit ineens weer fors toe, wat een autoimmuunziekte kan uitlokken.